13岁男孩西姆斯·科文顿原来是一个流浪儿，生活在19世纪的英国。因为一手好琴艺，他成为了小猎犬号科学考察船上的一名底层侍者，后来又因为识文断字，而成为考察船上的博物学（后来的大名鼎鼎的生物学家）家查尔斯·达尔文的助手。
科文顿和达尔文在加拉帕戈斯群岛考察时，遭遇了海上风暴，科文顿不幸被冲到了一座荒无人烟的小岛上。在那里，他有了一个可能会改变世界的惊人发现。
现在，令科文顿担忧的不仅仅是个人的生死存亡，一个新物种的未来也掌握在他的手上……