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卷之一精神五贜五臟變腧第二五贜六腑陰陽表裏第三五臟五官第四五臟大小六腑應候第五十二原第六十二經水第七四海第八氣息周身五十營四時日分刻漏第九營氣第十營衛三焦第十一陰陽清濁精氣津液血脉第十二津液五别第十三奇邪血絡第十四五色第十五陰陽二十五人形性血氣不同第十六卷之二十二經脉絡脉支别十二經脉絡脉支别奇經八脉第二脉度第三十二經標本第四經脉根結第五經筋第六骨度腸度腸胃所受第七……小儿杂病第十一
《黄帝三部针灸甲乙经》为“中华中医古籍珍稀稿抄本丛刊”之一种，丛刊遴选院上海生命科学信息研究中心所藏珍稀中医古籍稿抄本原貌影印而成。本书底本为晋皇甫谧所辑《黄帝三部针灸甲乙经》十二卷，为明代抄本，有极高的文献及文物价值。
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