《明清宫藏闽台关系档案汇编》全书共30册，是一部反映明清时期闽台关系的大型档案文献，以福建省档案馆和中国第二历史档案馆所藏明清时期宫廷所存涉及闽台关系的各类官方文献为基础，以军事、政治、民事、经济、文化、社会问题等类目为纲，按时间线索编排成册。

《明清宫藏闽台关系档案汇编》从启动到完成历时两年，三方单位密切合作，课题组十余人付出巨大心力，出版社倾力打造。