本书以水层-底栖耦合的学术思考和研究思路贯穿始终, 全书共分12章。以绪论和渤海的自然环境作为开头两章, 4-9章是本书的核心, 即生物生产力和生物多样性, 既显示了大型底栖动物和小型底栖动物的同步观测和综合分析, 将粒径谱应用于次级生产力, 也体现了传统生物多样性与现代分子多样性的交叉和融合。第3章和最后3章生源要素的底-水交换过程、摄食过程、生物扰动过程以及水层-底栖耦合模式的建立, 展示了多学科交叉, 属于水层-底栖耦合的关键生态学过程。