帝丹高中二年级的工藤新一解决了无数棘手案件，是被誉为“日本警察救世主”的高中生名侦探。

某天，新一和女朋友毛利兰约会时，碰到黑衣黑帽的可疑男子，他好奇地跟踪他们。然后，新一目睹不明组织恐吓人的情景，对方为了堵住他的嘴，把一种新发明的毒药灌进他的嘴里……结果，他的身体竟然变小了！

困扰的新一为了避人耳目，化名“江户川柯南”寄宿在毛利侦探事务所，追查不明组织的下落……为了不被怀疑，柯南甚至还去上小学，私底下则辛苦地帮毛利小五郎破案……

园子的亲戚，铃木财团的顾问次郎吉，在报纸上向怪盗基德发出了挑战书，让他来偷海蓝宝石——“大海的奇迹”。接受了这个挑战的基德在森严的警备中，众人惊奇的目光登场！

柯南vs基德的智慧大比拼，究竟谁会赢呢？！

FILE.1 解开3个数字！

FILE.2 没有提示？！

FILE.3 比赛结束

FILE.4 从天堂到地狱

FILE.5 满不在乎？！

FILE.6 不怀疑吗？

FILE.7 奇迹

FILE.8 惊愕

FILE.9 战栗

FILE.10 逃脱

FILE.11 学校奇谈