爱德华德和他的弟弟阿尔芬斯十分思念在他们还小的时候亡故的母亲，实行了炼金术中最大的禁忌——可以将死者复活的人体炼成。

可是炼成失败，爱德华德失去了左腿，阿尔芬斯则失去了全身。爱德华德好不容易才以牺牲自己的右臂为代价将弟弟的灵魂炼成，并定着在一副铠甲上，可是其代价未免太大了。爱德华德和阿尔芬斯一起，为了找回所失去的一切，开始踏上了寻找拥有极大力量的“贤者之石”的旅程。

右臂和左腿用钢制义肢“机械铠”来替代的他，被人们称为“钢之炼金术师”……

第22话 戴面具的男人

第23话 敲开天国之门

第24话 钢之炼金术师

第25话 师徒间的了断

第26话 到主人的身边去

第27话 达普利斯的野兽们

第28话 匹夫之勇

第29话 王者的眼睛

外传 努力奋斗的少尉

第30话 盔甲之中、真理深处

第31话 衔尾蛇

第32话 来自东方的使者

第33话 拉修巴雷的攻防

特别篇 PS2版游戏钢之炼金术师 无法飞翔的天使 预告

第34话 战友的足迹

第35话 被当做祭品的羊

第36话 苦恼的炼金术师

第37话 罪人的肉体

第38话 反击的烽火

第39话 错综的中央市

第40话 西方的贤者

第41话 小小人类傲慢的手掌